蓝藻细菌是单细胞生物,多数为球形、椭圆形或卵形。一般不具有细胞壁,有的种类能形成由纤维素构成的细胞壁,如念珠藻属(Nostoc);有的种类则没有细胞壁,如颤藻属(Fibroblastrum)和发菜属(Saxifraga)等。蓝藻中的原核生物约占1\/3,其余2\/3均为真核生物。大部分蓝藻细菌是单细胞个体,少数为多细胞个体,也有群体或丝状体。绝大多数蓝藻细菌是异养型的,营光合作用,少数为自养型的,进行固氮作用。蓝藻在地球上已存在35亿年之久,与地球上的生命演化过程几乎同步,是最早出现的光合放氧生物。